La relación entre alpacas y vicuñas fue disputada por muchos años. En los siglos 18 y 19, las cuatro especies lamoid sudamericanos fueron asignados nombres científicos.
En ese momento, se asumió la alpaca que desciende de la llama, haciendo caso omiso de las similitudes en tamaño, lana y dentición entre la alpaca y la vicuña. Clasificación se complica por el hecho de que las cuatro especies de camélidos sudamericanos pueden cruzarse y producir descendencia fértil.
El advenimiento de la tecnología del ADN hizo una clasificación más precisa posible.
En 2001, la clasificación de género alpaca cambió de Lama pacos a Vicugna pacos, tras la presentación de un documento en el trabajo de la doctora Jane Wheeler et al. en el ADN de alpaca a la Royal Society que muestra la alpaca es descendiente de la vicuña, el guanaco no.
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